在远离地球的学园都市基沃托斯，原本负责管理整个学园都市的联邦学生会却因为会长的突然失踪而陷入混乱之中，整个学园都市几乎进入了半个无政府状态，街头帮派和圣殿骑士控制下的垄断资本开始试图接管政权，而各学园之间的矛盾也难以得到调节——幸运的是，在失踪前，会长留下了让【老师】建立特别搜查部“夏莱”以协助联邦学生会工作的命令，还为【老师】留下了名为“什亭之匣”的欧帕兹。 因为一场意外，跨越了七万年前伊述人留下的时空通道来到基沃托斯的刺客夏尔·迈尔斯，作为被神秘的联邦学生会长所指名的【老师】，在半推半就之下同意了联邦学生会长代理七神凛关于建立特别搜查部“夏莱”的请求……
